Слизь салепа используют в качестве мягчительного, обволакивающего и противовоспалительного средства при гиперацидных гастритах, язвенной болезни желудка и двенадцатиперстной кишки, при гастроэнтеритах и колитах. Также используют при острых респираторных заболеваниях полости рта и носоглотки, при поносе, дизентерии, цистите, пищевых и других отравлениях. Кроме того, ятрышник успешно применяется как общеукрепляющее и тонизирующее средство при нервном истощении, слабости после тяжелых и изнурительных болезней, в послеоперационный период, для поддержания сил при старческом истощении.
Употребление салепа полезно для детей, страдающих катаром кишечника, больных туберкулезом, бронхиальной астмой, хроническим бронхитом и пневмонией, и для тех, кто перенес сильные кровотечения. Благодаря обволакивающим и ярко выраженным противоспалительным свойствам, ятрышник успешно лечит катару мочевого пузыря, заболевания женских половых органов (в том числе воспаления придатков, маточные заболевания).
Корень используют для лечения хронического простатита, аденомы предстательной железы и полового бессилия. Употреблять в строго указанной дозировке, так как передозировка ведет к чрезмерному половому возбуждению.